Instalado no interior do Castelo de Alcoutim, o Núcleo Museológico de Arqueologia é constituído por duas exposições de longa duração:

• O Património Arqueológico de Alcoutim
  Foi inaugurada a 15 de abril de 2000, pelo Sr. Deputado Europeu Joaquim Manuel Santos Vairinhos, e desde essa data já sofreu três remodelações. Tem como fio condutor um percurso histórico, que se inicia no Neolítico (5000 a 3000 a.C.) e termina no séc. XX, e um percurso expositivo temático que direciona os visitantes de forma a estabelecer com eles uma dinâmica assente numa sequência de surpresas. Os objetivos que levaram o Município de Alcoutim a criar esta exposição foram os seguintes:
  • Apresentar ao público o espólio arqueológico que ao longo dos anos tem vindo a ser recolhido, analisado e investigado, por diversos investigadores, no território concelho;
  • Divulgar, valorizar e promover o património arqueológico como um vetor de salvaguarda da memória coletiva e identidade cultural, consolidando as matrizes e fundamentos das próprias estruturas regionais;
  • Evidenciar as estruturas arqueológicas existentes na “Sala de Exposições do Castelo” integrando-as no percurso expositivo, contribuindo para a sua valorização.

•  Exposição Jogos Intemporais. Tabuleiros e Pedras de Jogos do Castelo Velho de Alcoutim
  Foi inaugurada a 20 de novembro de 2005, no antigo paiol do Castelo de Alcoutim, com o intento de dar a conhecer a coleção de jogos provenientes das escavações arqueológicas efetuadas no Castelo Velho de Alcoutim, pela Doutora Helena Catarino desde 1985.A coleção é composta por trinta e nove tabuleiros, completos e fragmentados, e dezoito pequenas pedras de jogo. Gravados em lajes de xisto estes tabuleiros pertencem a seis tipologias diferentes: Alquerque, Tábula, Moinho ou Trilha, Tapatan ou Galo, Mancala III (?) e Jogo do Soldado (?). De salientar que esta coleção integra o maior conjunto e tipologias de jogos de tabuleiro de época islâmica provenientes de um único sítio arqueológico, que temos conhecimento em Portugal.

A visita a este núcleo é complementada com as visitas às estações arqueológicas Menires do Lavajo, Ruinas do Montinho das Laranjeiras e Castelo Velho de Alcoutim.