Desconhece-se a data da sua fundação; os documentos referem-na como sendo muito antiga e designam-na como Igreja de Santa Maria. Templo de nave única, com cúpula rematada por um lanternim cego a cobrir o corpo que corresponde à capela-mor.

Durante o segundo decénio do século XVI os Condes de Alcoutim patrocinaram algumas obras de remodelação. Dessa campanha de obras resta ainda o portal manuelino.

Nos finais do século XVII e inícios do século XVIII, o espaço exterior da igreja foi reformulado pelos engenheiros militares, com o intuito de ligar o templo com a vila.

No altar-mor destaca-se um belíssimo retábulo barroco, da segunda metade do século XVII, com colunas torças que ladeiam a imagem de Nossa Senhora da Conceição, e os azulejos hispano-árabes que revestem o frontal da mesa de altar.