As primeiras ações na área da museologia foram iniciadas em 1994, por uma equipa externa de técnicos especializados nas mais diversas áreas, de entre as quais destacamos a museologia, a antropologia e o design de comunicação. Com a colaboração da associação Alcance, esta equipa desenvolveu trabalho de investigação referente ao rio Guadiana e suas gentes, que, deu origem à exposição do “Museu” do Rio, na antiga escola primária de Guerreiros do Rio, aberta ao público em novembro de 1994 e inaugurada oficialmente pelo Sr. Governador Civil de Faro, Cabrita Neto, em janeiro de 1995.

Entre 1995 e 1996 a mesma equipa externa de técnicos especializados, com a colaboração da associação Alcance, desenvolveu trabalho de investigação, tendo em vista a elaboração do Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim, denominado Núcleos Museológicos Serranos do Concelho de Alcoutim, a partir da proposta apresentada pela autarquia de “revalorizar, preservar e mostrar a riqueza do seu património cultural”.

De acordo com o programa científico e museológico, do Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim, apresentado em 1996, foram projetados quatro núcleos museológicos para as freguesias de Pereiro, Giões, Martim Longo e Vaqueiros com as respetivas temáticas; a construção da memória, como um processo de apropriação dos acontecimentos; a importância da tecelagem na vida das populações locais; ideias de comunidade, como um espaço do qual se sai e ao qual se regressa, num permanente circular de gente e de informação; vidas no campo através dos seus objetos, os usos agrícolas locais e o modo como esta agricultura aproveita da melhor forma os recursos naturais da região. Algumas das antigas escolas primárias dispersas pelo território concelhio foram os edifícios escolhidos para acolherem estes espaços museológicos, depois de recuperados e readaptados.

A mesma equipa externa de técnicos especializados, com a colaboração do Professor Francisco Lameira, foi também a responsável pelo projeto do espaço museológico projetado para a Ermida de Nossa Sr.ª da Conceição, em Alcoutim, com a temática Arte Sacra. Este espaço, denominado Núcleo Museológico de Arte Sacra, abriu ao público no mês de maio de 1998, com a exposição Um olhar sobre as igrejas de Alcoutim.
Em junho de 1998 abriu as suas portas o primeiro espaço museológico, delineado no Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim para a freguesia de Pereiro, na antiga escola primária de Fonte Zambujo, com a exposição A Construção da Memória e foi designado Núcleo Museológico de Fonte Zambujo.

O espaço museológico, denominado Núcleo Museológico de Arqueologia, abriu ao público em abril 2000, com a exposição O Património Arqueológico de Alcoutim. Este espaço, com a temática da Arqueologia, foi planeado pelos técnicos da autarquia, para a “Sala de Exposições” do Castelo de Alcoutim, com o objectivo de divulgar, valorizar e promover o Património Arqueológico de Alcoutim e evidenciar as estruturas arqueológicas existentes, contribuindo assim para a sua valorização.

Em junho de 2000 abriram as suas portas dois espaços museológicos, delineados no Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim; o da freguesia de Martim Longo, na antiga escola primária de Barrada, com a exposição Espelho de Nós, que foi designado Núcleo Museológico de Barrada; e o da freguesia de Giões, na antiga escola primária de Farelos, com a exposição Tecer e Usar, que foi designado Núcleo Museológico de Farelos. No mesmo mês abriu ao público o Núcleo Museológico de St.ª Justa, na antiga escola de St.ª Justa, com a exposição A Escola Primária, projetado pelos técnicos da autarquia com o intento de preservar a função dos edifícios escolares e a memória do que terá sido a infância de muita da agora envelhecida população do concelho de Alcoutim.

Só em junho de 2001 é que o espaço museológico, apresentado no Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim para a freguesia de Vaqueiros abriu as suas portas ao público, na antiga escola primária de Vaqueiros, com a exposição Vidas no Campo e foi designado Núcleo Museológico de Vaqueiros.

Em abril de 2004 foram encerrados ao público, e posteriormente desmontados, os quatro núcleos museológicos que integravam o Projeto Museológico do Concelho de Alcoutim; os Núcleo Museológico de Fonte Zambujo, Farelos, Barrada e Vaqueiros.