Sendo a conservação uma das principais missões do museu, o serviço de Conservação e Restauro do Museu Municipal de Alcoutim procura contribuir para a proteção e conservação preventiva e curativa dos bens museológicos à sua guarda, assim como para a salvaguarda e reabilitação do património cultural local, com base nas normas e boas práticas indispensáveis às suas funções. O serviço de Conservação e Restauro do Museu Municipal de Alcoutim tem os seguintes objetivos:

• Conservar, restaurar e preservar os acervos museológicos e definir as condições de salvaguarda, assim como de outros bens móveis e imóveis pertencentes à tutela municipal, ou outros que não sejam de propriedade municipal;
• Difundir e coordenar a salvaguarda do património cultural do concelho, potenciando uma visão integrada e transversal do património municipal;
• Organizar os espaços expositivos, de reserva e de laboratório e contribuir para a manutenção dos edifícios e dos seus equipamentos;
• Registar e documentar em diferentes suportes o espólio material e documental de interesse museológico em reserva ou depósito, de modo a garantir a manutenção e atualização do arquivo técnico de conservação e restauro;
• Elaborar pareceres e promover parcerias e consultorias técnicas nas áreas da museologia e da conservação e restauro com entidades regionais e nacionais ligadas à salvaguarda do património cultural;
• Elaborar documentos, tais como regulamentos, normas e planos, através dos quais se definem os princípios e procedimentos a adotar no que concerne à conservação do acervo museológico e salvaguarda do património cultural local.