O Museu do Rio nasceu da necessidade de preservar tradições, técnicas, artefactos e memórias ligadas ao rio Guadiana e às populações ribeirinhas, com a função de retratar todo o património relacionado com o rio, recorrendo para esse efeito ao estudo do património natural, etnografia fluvial, história local e arqueologia industrial ligada ao rio, construção naval, moinhos de maré, etc., e com o objetivo fundamental de sensibilizar as populações ribeirinhas locais para a importância da sua participação nas ações do museu, atendendo como veículo da sua identidade e instrumento de divulgação e valorização da sua história e dos seus saberes.

O projeto deste espaço museológico foi elaborado e executado por uma equipa externa, contratada para o efeito, liderada pela museóloga Luísa Rogado, à data Diretora do Museu Regional do Algarve, que contou com a colaboração da associação Alcance. Os temas tratados pela equipa – Contextualização geográfica; Navegação no Guadiana; Fluxo comercial; Alcoutim e a defesa do território; O Contrabando; A pesca no rio, arte e artefactos; Aldeias ribeirinhas; “As histórias do rio”; “Tradição oral”; Preservação da natureza; Turismo rural com ligação ao rio, uma alternativa à massificação do litoral – deram origem à primeira exposição do “Museu” do Rio, na antiga escola primária de Guerreiros do Rio, que foi apresentada à comunidade em novembro de 1994 e inaugurada oficialmente em janeiro de 1995 pelo Sr. Governador Civil de Faro, Cabrita Neto.

Com as ampliações iniciadas em 2003 o edifício ganhou em área e foi possível criar um auditório, uma sala de exposições de longa duração, reservas e gabinete técnico, e remodelar as duas salas existentes transformando uma em receção e outra em sala de exposições temporárias, assim como ampliar as instalações sanitárias.

Depois de 3 anos “fechado para obras de ampliação e remodelação” o novo Museu do Rio, com o intuito de homenagear o rio e as suas gentes, foi inaugurado a 8 de setembro de 2006, pelo Sr. Governador Civil do Distrito de Faro, António Ventura Pina. O novo espaço abriu ao público com a exposição de longa duração Olhar o Guadiana por dentro, que desenvolve um discurso expositivo baseado na investigação eftuada pela Universidade do Algarve às tradições, técnicas, artefactos e património alusivo ao rio Guadiana, e com a exposição temporária A memória do rio, cuja temática se fundamentou na primeira exposição do museu.

Mediante um Protocolo assinado entre a autarquia e o Sr. José Murta Pereira a sala de exposições temporárias do museu acolheu a coleção de réplicas de barcos que navegaram no Guadiana até meados dos anos 60 do século XX, por tempo indeterminado; a exposição Barcos Tradicionais do Baixo Guadiana foi inaugurada a 12 de setembro de 2008.